Diversity, Ecology and Evolution of Microbes
Team
Purificación López-García
Directrice de Recherche, CNRS

Je suis biologiste et intéressée aux grandes questions évolutives sur l'origine et la diversification de la vie, dont la vaste majorité correspond à des lignées microbiennes.

puri.lopez@cnrs.fr

puri.lopez@universite-paris-saclay.fr

David Moreira
Directeur de Recherche, CNRS

Il y a longtemps, j'ai eu la chance de récupérer un vieux microscope qui m’a montré un nouveau monde rempli d'organismes étonnants. Depuis, je me suis toujours intéressé à la diversité et à l'évolution des microorganismes des trois domaines du vivant, en essayant de reconstruire leur phylogénie et de comprendre comment leurs génomes évoluent. Plus récemment, je me suis également intéressé à la relation évolutive entre les organismes vivants (cellules) et non-vivants (virus).

david.moreira@universite-paris-saclay.fr

Ludwig Jardiller
Professeur, Université Paris-Saclay

Je suis un écologue microbien. Mes activités de recherche ont pour objectif de mieux appréhender la diversité microbienne, de comprendre les processus qui la structurent et d'identifier le rôle joué par les microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. en savoir plus...

Email : ludwig.jardillier@universite-paris-saclay.fr

Tél. : 01 69 15 79 89

Laura Eme
Directrice de recherche, CNRS

laura.eme@cnrs.fr

laura.eme@universite-paris-saclay.fr

Yvan Zivanovic
Chercheur CNRS

yvan.zivanovic@cnrs.fr yvan.zivanovic@universite-paris-saclay.fr

Philippe Deschamps
Chargé de recherche, CNRS

philippe.deschamps@cnrs.fr

philippe.deschamps@universite-paris-saclay.fr

Miguel Iniesto
Maitre de conférences, U. Paris-Saclay

Mon intérêt pour la recherche et l'enseignement a commencé pendant ma licence en biologie. Après un master en microbiologie clinique, j'ai rejoint le laboratoire d'écologie microbienne (Département d'écologie) en tant que doctorant sous la supervision des professeurs María del Carmen Guerrero et Ana Isabel López-Archilla. Mon doctorat, intitulé "Microbial Mats: the implication of these microbial communities in the early stages of fossilization", en collaboration avec le groupe de paléontologie dirigé par les professeurs Angela D. Buscalioni et Karim Benzerara (IMPMC, Sorbonne Université), m'a permis d'explorer un sujet complexe (la formation de fossiles médiée par les microorganismes) avec une approche hautement pluridisciplinaire (alliant écologie, microbiologie, paléontologie, géologie, minéralogie et statistiques) et d'obtenir des résultats ayant un impact significatif sur la communauté scientifique.

Ensuite, j'ai rejoint l'équipe d'Arnaud Brayard dans le cadre de son projet "After the end: the rebuilding marine communities during the Rediversification of the Lower Triassic" [AFTER]. Durant ce premier postdoctorat au laboratoire Biogéosciences de l'Université de Dijon, j'ai étudié la formation des fossiles du gisement exceptionnel du "Paris Biota" (Trias, États-Unis).

Après Dijon, je me suis installé à Paris et suis devenu membre de l'équipe Diversity, Ecology and Evolution of Microbes (DEEM) sous la supervision de Purificación López-García pour étudier la formation des microbialites. La bioinformatique, l'écologie microbienne et la minéralogie nous ont aidés à révéler les facteurs (abiotiques et biologiques) qui déterminent la génération de ces structures organo-sédimentaires. Les microbialites sont aujourd'hui très en vogue car elles sont directement liées à deux sujets d'importance. Premièrement, elles constituent les premières preuves de vie sur Terre. Les stromatolites (un type de microbialite) sont considérés comme les premières communautés vivantes sur la Terre primitive, et il existe un grand débat sur l'origine biologique ou non de certaines structures datant de 3 500 millions d'années. Comprendre les mécanismes expliquant la formation de ces structures est essentiel pour résoudre ce débat et aurait un impact direct sur la recherche de traces de vie sur Mars. De plus, ces communautés se minéralisent souvent en carbonates, et peuvent donc agir comme réservoirs de carbone. Une véritable compréhension des processus de minéralisation au sein des microbialites pourrait nous aider à augmenter et à stimuler la capture de CO2 par ces communautés, et ainsi tenter de minimiser l'impact du changement climatique à l'échelle mondiale. En plus de cela, je collabore également à la caractérisation de la diversité microbienne de divers environnements méconnus, principalement par des approches de métabarcoding, et je collabore également en tant qu'expert en statistiques avec le Dr Villar-Quiles, neurologue à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière - Sorbonne Université.

En ce qui concerne mon activité d'enseignement, je participe à des cours à tous les niveaux (licence, licence professionnelle et master) dans des matières liées à l'écologie, la biologie moléculaire et la microbiologie:

  • L2Pro - UE4 Bio-production - Microbiologie - Virologie (Responsable d'UE)
  • L3Pro - Formation en Apprentissage/en Stage
  • L3Pro - Exploration des Environnements Pro
  • L3Pro - Génie Génétique

  • L2BIO - Anglais scientifique

  • L2BIO - Milieux Aquatiques
  • L3BOE - Écologie : théorie et pratique

  • Master BEE - Mise à niveau en écologie aquatique

  • Master BEE - Milieux aquatiques : qualité et gestion
  • Master BEE - Méthodologie et Ecologie
  • Master BioSanté - Evolution et biodiversité des microorganismes
Maria Ciobanu
Ingénieure de recherche, CNRS

maria-cristina.ciobanu-costache@cnrs.fr maria.ciobanu@universite-paris-saclay.fr

Tél. +33 (0)1 69 16 63 42

Paola Bertolino
Ingénieure d'études, CNRS

paola.bertolino@cnrs.fr

paola.bertolino@universite-paris-saclay.fr

Jelena Jaric
Assistante technique

jelena.jaric@universite-paris-saclay.fr

Julie Montagna
Assistante SYMBEK

julie.montagna@universite-paris-saclay.fr

Carmen Miravete
Assistante bioinformatique SYMBEK

carmen.miravete@universite-paris-saclay.fr

Ana Gutiérrez-Preciado
Postdoc

ana.gutierrez@universite-paris-saclay.fr

Kristina Prokina
Postdoc

kristina.prokina@universite-paris-saclay.fr

Bledina Dede
Postdoc

bledina.dede@universite-paris-saclay.fr

Jazmin Blaz
Postdoc (Doctorante 2020-2023)

jazmin-itzel.blaz-sanchez@u-psud.fr

Paul Roginski
Postdoc

paul.roginski@universite-paris-saclay.fr

Lewen Liang
Postdoc

lewen.liang@universite-paris-saclay.fr

Romain Leroy
Doctorant

romain.leroy@universite-paris-saclay.fr

Arthur Szylit
Doctorant

Je suis un étudiant en thèse en co-direction L. Jardillier et U. Christaki

arthur.szylit@univ-littoral.fr

Agathe Struillou
Doctorante

agathe.struillou@universite-paris-saclay.fr

Luna Marin
Doctorante

Doctorante

Zoe Commander
Doctorante

zoe.commander@inrae.fr

Pedro Romero
Doctorant

pedro.romero@universite-paris-saclay.fr

Stagiaires
Visites et stagiaires

2023-2024 Zoé Commander (M2), Agathe Brédel (M2), Pénélope Degardin (M2), Zachary Galvani (M1)

2022-2023 Marina Grilo (M2), Agathe Struillo (M2)

2021-2022 Romain Leroy (M2), Juliette Thiébaut (M2)

2021-2022 Alvaro Rodriguez del Rio (visiting PhD student)

2020-2021 Pierrick Lenormand (M2), Guillaume Peugnet (M1), Anouk Cohen-Solal (L1), Yannis Arab (L2), Alix Catry (M1 INSA), Chloé Barthalon (L3)

2019-2020 Jeanne Chaumont, David Boulesteix (M2), Dave Edison Rojas (M2 Erasmus), Iris Rizos (M1)


Former members
Pablo Aguilar
Professeur invité 2024

pablo.aguilar@uantof.cl

Anabel López-Archilla
Professeur invitée 2023

Anabel est une collaboratrice de l'Université Autonome de Madrid (UAM).

Sergey Karpov
Invited prof., St Petersburg University

Sergey A. Karpov est un collaborateur de l'équipe qui a fait plusieurs séjours dans notre laboratoire entre 2015 et 2018.

sakarpov4@gmail.com

Carolina Cubillos
Postdoc 2021 - 2024

Postdoc carolina.cubillos@universite-paris-saclay

Electra Kotopoulou
Postdoc 2021-2023

Postdoc electra.kotopoulou@universite-paris-saclay

Guillaume Louvel
Postdoc 2021-2023

guillaume.louvel@universite-paris-saclay.fr

Lukas Novak
Postdoc 2021-2023

lukas.novak@u-psud.fr

Jolien van Hooff
Postdoc 2019-2022

jolien.van-hooff@u-psud.fr

Sergio Muñoz
Postdoc 2020-2022

Ma recherche se focalise sur la compréhension de la nature de l'ancêtre mitochondrial et l'évolution précoce des mitochondries et des eucaryotes. Actuellement, j'analyse des métagénomes des environnements divers et méconnus à la recherche des nouvelles alphaprotéobactéries. Je m'intéresse aussi à la reconstruction des phylogénies robustes et libres d'artefacts pour les alphaprotéobactéries et les mitochondries.

sergio.munoz@universite-paris-saclay.fr

Julien Massoni
Postdoc 2020-2022

julien.massoni@u-psud.fr

Luis J. Galindo
Doctorant 2017-2020, postdoc 2020-2021

luis-javier.galindo-gonzalez@u-psud.fr

Guifré Torruella
Postdoc 2015-2020

guifré.torruella@u-psud.fr

Naoji Yubuki
Postdoc 2018-2021

naoji.yubuki@u-psud.fr

Jeanne Caumartin
Doctorante 2021-2024

Jeanne a fait une thèse interdisciplinaire en collaboration avec Karim Benzerara (IMPMC, Sorbonne Université, Paris)

jeanne.caumartin@sorbonne-universite.fr

Brittany Baker
Doctorante 2020-2024

brittany.baker@universite-paris-saclay.fr

Feriel Bouderka
Doctorante 2020-2024

feriel.bouderka@universite-paris-saclay.fr

Fabian van Beveren
Doctorant 2018-2022

fabian.van-beveren@u-psud.fr

Thomas Bacchetta
Doctorant 2018-2022

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Gwendoline David
Doctorante 2017-2020

gwendoline.david@u-psud.fr

Jodie Belilla
Doctorante 2017-2020

jodie.belilla@u-psud.fr

Guillaume Reboul
Doctorant 2017-2020

guillaume.reboul@u-psud.fr

Solenne Irion
Doctorante 2017-2019

solene.irion@univ-littoral.fr

Other PhD students and postdocs
Anciens doctorants et postdocs

PhD students

Marie Ragon (2007-2011), Estelle Couradeau (2008-2012), Charles Bachy (2008-2012), Jonathan Lombard (2009-2012), Céline Petitjean (2009-2013), Marianne Simon (2010-2014), Aurélien Saghaï (2013-2016), Rafael Ponce-Toledo (2014-2018), Jodie Belilla (2017-2020), Guillaume Reboul (2017-2020), Gwendoline David (2017-2020), Luis Javier Galindo (2017-2020), Solène Irion (2017-2020)

Postdocs

Emmanuelle Gérard (2003-2005), Jan Slapeta (2003-2005), Enrique Lara (2007-2008), Ana Belén Martin-Cuadrado (2007), Achim Quaiser (2007-2008), William Marande (2008-2009), Philippe Deschamps (2009-2010), Marie Ragon (2011-2012), Giselle Walker (2014-2015), Kamil Szafranski (2015-2017), Romain Derelle (2015-2016), Magdalena Ruiz (2016-2017), Albert Reñé (2017), Hélène Timpano (2016-2018), Guifré Torruella (2016-2021)