Diversity, Ecology and Evolution of Microbes
ACTIVITES DE RECHERCHE
A l’échelle globale, les écosystèmes aquatiques jouent des rôles majeurs dans le fonctionnement de la biosphère au travers de leur implication dans la régulation du climat et des flux de carbone. Elucider les processus à l’œuvre dans le fonctionnement de ces écosystèmes et les flux biogéochimiques est essentiel pour apprécier leurs dynamiques temporelles et leurs réponses à des perturbations, telles celles engendrées par les changements globaux. Il est couramment suggéré que les organismes situés en haut du réseau trophique seraient les plus sensibles aux changements de leur environnement. Or, du fait de la position basale des microorganismes dans les réseaux trophiques, tout changement, même mineur, au niveau de cette communauté pourrait affecter et déstabiliser en cascade le fonctionnement des écosystèmes. Les communautés microbiennes sont extrêmement complexes dans la plupart des environnements, de par la diversité phylogénétique et métabolique des organismes, les interactions multiples qu’ils peuvent entretenir avec les autres organismes présents dans leur environnement, leurs cycles de vie composés de diverses stades de développement, leur capacité pour la plupart d’entre eux à entrer en dormance ainsi que leur grande capacité à migrer et coloniser de nouveaux milieux. Aussi, j’étudie les liens entre la diversité et les fonctions des communautés microbiennes des trois domaines du vivant (bactéries, archées et eucaryotes microbiens), et leurs rôles (relations trophiques, cycles biogéochimiques) dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, aussi bien marins que d’eau douce. Mes recherches, interdisciplinaires, intègrent de fait la notion de diversité fonctionnelle, via le métabolisme des microorganismes et l’impact de leur nutrition sur les stocks et flux de matière et d'éléments. Pour cela, j’utilise différentes technologies permettant d’obtenir une vision fine de la composition de ces communautés (ex. OMICs) et de leurs activités métaboliques impliquées dans les cycles biogéochimiques (ex. traceurs isotopiques).
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PUBLICATIONS
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RESPONSABILITÉS PRINCIPALES ET ACTUELLES EN RECHERCHE
ENSEIGNEMENT
ACTIVITÉS D’ENSEIGNEMENT ACTUELLES
Mes enseignements portent sur l’écologie et, en particulier, sur l’écologie des milieux aquatiques aussi bien marins que d’eau douce. Plus précisément, je développe les différents domaines de l’écologie microbienne à savoir l’étude de la diversité microbienne, des facteurs (biotiques et abiotiques) déterminant la dynamique temporelle et la distribution spatiale des microorganismes ainsi que le rôle des communautés microbiennes dans le fonctionnement des écosystèmes.
J’interviens essentiellement dans la Licence Biologie des Organismes et Ecologie (BOE) et la Licence professionnelle Ecopaysage Végétal Urbain (ECOPUR) et dans le Master Biodiversité, Ecologie, Evolution (BEE). Mes enseignements sont répartis entre travaux pratiques et dirigés, stage de terrain et cours magistraux.
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