Diversity, Ecology and Evolution of Microbes
Equipe DEEM

Notre équipe s’intéresse à différents aspects de l’écologie et de l’évolution des microorganismes, de l’origine de la diversité microbienne et son évolution depuis l’origine de la vie sur Terre au rôle des communautés microbiennes dans les cycles biogéochimiques. Nous combinons des approches complémentaires tels l’exploration de la diversité environnementale des lignées procaryotes et eucaryotes à travers des approches de type métabarcoding, métagénomiques, « single-cell » et phylogénomiques pour inférer le potentiel fonctionnel et pour élucider l’histoire évolutive des différentes lignées microbiennes. Nous nous intéressons aussi à des questions interdisciplinaires, notamment à l’interface biologie-géologie.

L’équipe DEEM, fondée initialement par Puri Lopez-Garcia et David Moreira, est l’une des sept composantes de l’unité d’Ecologie, Systématique et Evolution (UMR 8079, CNRS – Université Paris-Saclay – AgroParisTech), maintenant sur le site IDEEV (Gif-sur-Yvette).

Dernières parutions

A la recherche de la lignée d'archées Asgard plus apparentée aux eucaryotes

Une nouvelle espèce de cyanobactérie thermophile de l'ordre Gloeomargaritales, proche parent des plastes

Des inférences du ratio virus:microorganisme à partir de métagénomes à travers des écosystèmes divers suggèrent que les virus à ADN ont des abondances comparables, en terme d'ordre de magnitude, à celles des cellules

Plus d'espèces et de genres des flagellés Apusomonadida enrichissent l'arbre phylogénétique des eucaryotes

Des nouvelles analyses confirment la parenté entre aphelides et champignons et appuient la division des Holomycota en deux grands groupes : Phytophagea (aphelides+champignons) et Opisthophagea (rozellides+microsporidies).

Missions de terrain

Mars 2023 - Nord du Chili : Une nouvelle expédition aux beaux mais menacés salars et sources chaudes de l'altiplano (~4 000 m), Region d'Atacama

Aout 2022 - Nord du Canada : Echantillonnage de lacs thermokarstiques dans le pergélisol pour étudier les flux de gaz à effet de serre liés à l'activité microbienne.

Mars 2022 - Nord du Chili : Pendant plusieurs semaines, nous avons échantillonné des salars (« salares ») et des sources chaudes de haute altitude dans le nord de l'Altiplano chilien, Region d'Antofagasta.

Septembre 2021 - Islande : Echantillonnage de diverses sources thermales entre volcans et glaciers.

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Adresse : Equipe DEEM

Unité d’Ecologie, Systématique et Evolution

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12 rue 128, 91190 Gif-sur-Yvette, France

Tél.: +33 (0)1 69 15 76 08