La majorité bactérienne silencieuse : le rôle des symbioses non-mitochondriales et leurs contributions génétiques, métaboliques et membranaires à l'origine des eucaryotes. Un projet financé par l'initiative conjointe des Fondations Moore et Simons "Deciphering the origin of the eukaryotic cell".
En collaboration avec David Moreira, Laura Eme et Philippe Nghé
L'impact macroévolutif de l'épigénétique et le transfert horizontal de gènes dans les génomes eucaryotes
L'origine et l'évolution précoce des plastides eucaryotes
Déterminants biogéochimiques de la formation de microbialites
L'évolution des protistes dans des environnements suboxiques.
Impacts de la dégradation du permafrost sur les sols, les sociétés humaines, les ressources en eau et le cycle du carbone
Communauté microbienne des lacs d’Ile-de-France: diversité taxonomique et fonctionnelle
Biodiversité des écosystèmes marins et dynamique du carbone autour de Kerguelen : une vue intégrée