Projet Macro-Epik, responsable Laura Eme

Les organismes multicellulaires (comme les animaux, les plantes et les champignons) sont les eucaryotes les mieux étudiés, alors que leurs ancêtres et la vaste majorité de la diversité eucaryote correspond à des espèces unicellulaires (“protistes”). Cependant, la plupart de la diversité protiste n'a toujours pas été étudiée d'un point de vue génétique, limitant par là notre compréhension de l'évolution des eucaryotes à grande échelle.

Par exemple, alors que l'importance des transferts horizontaux de gènes (HGT) dans l'évolution des procaryotes (bactéries et archées) est bien reconnue, le rôle des HGT dans chez les eucaryotes est toujours débattu. De plus, bien que les mécanismes épigénétiques représentent un phénomène clé de la régulation des génomes eucaryotes, on sait très peu de choses sur l'évolution et la diversité de ces mécanismes au travers de la diversité protiste.

L'objectif global de ce projet est de comprendre comment les mécanismes épigénétiques et les transferts horizontaux de gènes ont façonné l'évolution des eucaryotes à grande échelle, au travers de plusieurs objectifs intermédiaires: 1) Reconstruction d'une phylogénie robuste des eucaryotes; 2) retracer l'histoire des gènes impliqués dans les mécanismes épigénétiques et générer des cartes épigénomiques pour certaines protistes; 3) tester l'hypothèse d'une relation possible entre mécanismes épigénétiques et transferts horizontaux, et comment cette connection a influencé l'évolution des génomes.

Pour cela, nous caractérisons les transcriptomes, génomes, méthylomes and silencome de certains protistes sélectionnés pour leur position clé dans l'arbre des eucaryotes et nous analyserons ces données par des approches bioinformatiques. Nous ciblons particulièrement des protistes non-cultivés, en combinant des approches d'isolation 'single-cell' et de nouvelles approches de séquençage et d'assemblage.