Los organismos multicelulares son los eucariotas más estudiados pese a que sus ancestros y la gran mayoría de la diversidad eucariótica corresponde a especies microbianas (“protistas”). Carecemos de datos genómicos para la mayoría de protistas, lo que limita la investigación de la evolución eucariótica. Por ejemplo, la transferencia lateral de genes (LGT) es muy importante en la evolución de procariotas pero su papel en los eucariotas sigue siendo muy discutido. Por otra parte, aunque los mecanismos epigenéticos son clave en la regulación genómica de eucariotas, sabemos muy poco sobre su evolución en el conjunto de la diversidad eucariótica. La meta principal de mi proyecto es entender como los mecanismos epigenéticos y la LGT han impactado la macroevolución de los genomas eucarióticos. Este proyecto tiene varios objetivos interconectados: 1) reconstruir una filogenia robusta de los eucariotas; 2) inferir la historia evolutiva de los genes implicados en mecanismos epigenéticos y obtener mapas epigenómicos de protistas mal caracterizados; 3) investigar la posible interconexión entre regulación epigenética y LGT y su influencia en la evolución de genomas eucarióticos.