Diversity, Ecology and Evolution of Microbes
Notre équipe s’intéresse à différents aspects de l’écologie et de l’évolution des microorganismes, de l’origine de la diversité microbienne et son évolution depuis l’origine de la vie sur Terre au rôle des communautés microbiennes dans les cycles biogéochimiques. Nous combinons des approches complémentaires tels l’exploration de la diversité environnementale des lignées procaryotes et eucaryotes à travers des approches de type métabarcoding, métagénomiques, « single-cell » et phylogénomiques pour inférer le potentiel fonctionnel et pour élucider l’histoire évolutive des différentes lignées microbiennes. Nous nous intéressons aussi à des questions interdisciplinaires, notamment à l’interface biologie-géologie.
L’équipe DEEM, fondée initialement par Puri Lopez-Garcia et David Moreira, est l’une des sept composantes de l’unité d’Ecologie, Systématique et Evolution (UMR 8079, CNRS – Université Paris-Saclay – AgroParisTech), maintenant sur le site IDEEV (Gif-sur-Yvette).
Des inférences du ratio virus:microorganisme à partir de métagénomes à travers des écosystèmes divers suggèrent que les virus à ADN ont des abondances comparables, en terme d'ordre de magnitude, à celles des cellules
Plus d'espèces et de genres des flagellés Apusomonadida enrichissent l'arbre phylogénétique des eucaryotes
Des nouvelles analyses confirment la parenté entre aphelides et champignons et appuient la division des Holomycota en deux grands groupes : Phytophagea (aphelides+champignons) et Opisthophagea (rozellides+microsporidies).
Les séquences des génomes mitochondriaux et plastidiaux de 25 espèces d’algues rouges révèlent plusieurs expansions de taille indépendantes dues à la prolifération des introns.
Pourquoi ne détecte-t-on aucune vie dans les saumures hypersalines et hyperacides de Dallol malgré un niveau élevé de contamination par l’air ? Nous avons montré une destruction étonnamment rapide des cellules et de l'ADN par ces saumures.
Mars 2023 - Nord du Chili : Une nouvelle expédition aux beaux mais menacés salars et sources chaudes de l'altiplano (~4 000 m), Region d'Atacama
Aout 2022 - Nord du Canada : Echantillonnage de lacs thermokarstiques dans le pergélisol pour étudier les flux de gaz à effet de serre liés à l'activité microbienne.
Mars 2022 - Nord du Chili : Pendant plusieurs semaines, nous avons échantillonné des salars (« salares ») et des sources chaudes de haute altitude dans le nord de l'Altiplano chilien, Region d'Antofagasta.
Septembre 2021 - Islande : Echantillonnage de diverses sources thermales entre volcans et glaciers.
Si vous êtes un étudiant motivé ou un jeune postdoc intéressé par nos activités de recherche et avec envie de développer un projet de recherché originale, n’hésitez pas à nous contacter pour un stage, une possibilité de financement ou pour préparer un projet pour une demande de bourse.
Mars 2023: Une nouvelle expédition DEEM aux beaux salares et sources thermales de l'altiplano chilien. Des écosystèmes microbiens uniques et terriblement menacés par l'extraction du lithium au nom de l'énergie "verte" (?)
2023 - Cela fait un an que l'équipe DEEM a déménagé avec l'ESE au nouveau bâtiment IDEEV sur le plateau de Saclay, dans le campus élargi de l'université Paris-Saclay - cela a pris un certain temps d'être complétèment fonctionnel !
Printemps 2023 : Bienvenue à Bledina Dede, en tant que nouvelle postdoc de l'équipe !
Adresse : Equipe DEEM
Unité d’Ecologie, Systématique et Evolution
Site IDEEV
12 rue 128, 91190 Gif-sur-Yvette, France
Tél.: +33 (0)1 69 15 76 08
